El club deportivo de fútbol Cienciano fue fundado en la ciudad imperial del Cusco el 8 de julio de 1901. El clásico rival del conjunto es el recién ascendido Deportivo Garcilaso y también Cusco FC, antes llamado Real Garcilaso. El conjunto cusqueño logró comprobar su habilidad en los clausura 2001 y 2006 y el apertura del año 2005, pero nunca fue campeón nacional del fútbol peruano de primera división.

Sus máximos logros los consiguió a nivel internacional, donde consiguió la Copa Sudamericana en 2003 al derrotar a River Plate de Argentina por 1-0 con el gol de tiro libre del defensa paraguayo Carlos Lugo. Luego, en 2004, obtuvo la réplica sudamericana al derrotar a Boca Juniors por penales: el héroe fue el guardameta Óscar Ibáñez, el gol del empate lo marcó el delantero colombiano Rodrigo Saraz.

Su actual entrenador es Leonardo Álvarez. El conjunto cusqueño ha mejorado su performance futbolística y ha clasificado a la Copa Sudamericana de 2023 donde jugará en la primera fase a partido único de visitante en Lima ante Universitario de deportes el 9 de marzo de 2023. El conjunto cusqueño tiene de ídolos a lo largo de su historia futbolística a jugadores como: Óscar Ibáñez, Santiago Acasiete, Julio García, Rodrigo Saraz, Germán Carty y Sergio Ibarra. Juega de local en el estadio Inca Garcilaso de la Vega con capacidad para 45,000 espectadores.